Метаданные 21-го выпуска «Херсонесского сборника» (за 2010 год) внесены в базу Российского индекса научного цитирования. РИНЦ является главной библиографической базой данных научного цитирования в нашей стране. База аккумулирует информацию о цитировании публикаций из более 6000 российских журналов. База предназначена не только для оперативного обеспечения ученых актуальной справочно-библиографической информацией, но еще и представляет собой важный аналитический инструмент, позволяющий осуществлять оценку результативности и эффективности деятельности научно-исследовательских организаций, музеев, отдельных ученых, а также определять научный уровень журналов, которые здесь индексируются.
«Херсонесский сборник» был зарегистрирован в базе РИНЦ в 2018 году, и с этого времени его выпуски, как и отдельные статьи и конкретные авторы, здесь индексируются.
В Российском индексе научного цитирования музей-заповедник «Херсонес Таврический» находится на 10 позиции среди 139 музеев России.